在临床上，肛周脓肿基本上不会自愈，肛周脓肿只要开始发生，就意味着会越来越重。
除非进行积极的治疗，因为肛周脓肿主要是肛隐窝炎或者肛窦炎感染没有控制住沿着括约肌间隙向上、向下、向外进行扩散引起肛周脓肿，肛周脓肿确切的说是肛周软组织化脓性改变。
肛周脓肿在发病的初期炎症反应并不是很重，这种情况下应用抗生素抗感染治疗治疗效果非常理想，但是有一部分肛周脓肿在积极的抗生素抗感染治疗情况下治疗效果也不理想，可能逐渐加重，形成明确的脓腔，这种情况就需要进行手术治疗。
如果不及时治疗，治疗会更加痛苦，严重则会引起肛瘘。